新政的推行在练新军上尤为突出。之前，清廷的正规军是八旗军和绿营军[1]。可是，一次次的战败让清廷意识到不建设一个全新的现代军队是难以救大清帝国于危亡的。1901年8月29日，武科被罢停。清政府要求各地重组军队并设立武备学堂。1902年，从日本学习军事的留学生陆续回国，这些留学生成为编练新军的主力，开始了清政府普练新军的时期。1903年，清政府在北京设立练兵处，以便控制各省对军人的招募与训练，进而最终控制军队。那些按照外国（德国与日本）军事理论和标准培养的军队被普遍称之为新军[2]。1904年，新军被规划为三十六镇（每个镇官兵12500人）常备军，均受练兵处控制。新军的军官由日本士官学校培养的中国留学生担任，政府不但颁布了《新定陆军学堂办法》，还将一整套军事教育计划用于从陆军小学到陆军大学，新兴的军官制度也由这些留学生完成。1906年，练兵处与兵部合并为陆军部，统帅整个帝国的陆军。陆军由满人铁良统领，1909年的一份诏书又宣布国家的军队由皇帝统帅（即便是袁世凯的北洋军也最终于1910年被合并到中央陆军里）。过去，人们对当兵躲躲闪闪，除非那些无业游民和破产的农民为了生计入伍；军队的建设经费也因为中央将权力集中到练兵处而得不到地方巡抚的充分支持。随着政府对新军建设的支持，对留学生军事学习的要求有更加符合现代思想的标准并将军官的地位抬高到文职官员的水平——何况有皇帝作为军队的最高指挥，具备健康的身体和军事技能又懂得新知的军人形象开始被树立起来，人们转变了对新军的看法，甚至士绅也愿意进入新军担任军官。从1909年7月开始，军咨府成立，这个机构是皇帝指挥的军事总参谋部。
在改变军事水平方面，最早的敏感者当然是张之洞、李鸿章这些汉人官员。张在1898年开始派出四名浙江军校学生留学日本[3]， 跟着又从湖北、湖南派出24人，北洋大臣与南洋大臣又各派出20人。之后，各省陆续都有派出学生到日本学习军事。文献记载：1902—1903年度，日本成城学校有不同班级的中国学生近200人；1903年建立的振武学校从开办到1914年，共有1000名中国学生接受学习与训练；1900—1911年，有690成城和振武的毕业生考入士官学校，他们中间回国后大多为中国军队的高级首长、参谋长或教官。当然，邀请聘用日本军事专家到中国来培训的项目也非常频繁和卓有成效，大量的日本军事专家到中国担任军事教习或相关职务。早在1901年12月至1902年8月之间，袁世凯甚至聘用了一名在义和团事件中表现杰出的日本少佐立花小一郎（1861-1929）以及两名上尉。1902年11月，天津设立北洋军医学堂时，聘请平贺精次郎（1866-1916）担任总教习，随他在中国工作的还有十名日本人，他在中国的时间长达十年，并获得日中两国皇帝的嘉奖。在这样一种军事改革过程中，中国逐渐接受了德国和日本军制和军事理论，军事用语也来自日本。有意思的是，正是在日俄战争之后，中国非常冷静的意识到应该向日本学习，尽管中日之间存在着的矛盾和警惕：
使用日本顾问还有特别有利之处。和大多数外国人相比，日本雇员更为愿意学习华语，雇佣他们减少了语言障碍。日本官员愿意接受比西方官员较低的待遇，雇佣他们可以减少开支，他们也较能适应中国的现实。日本军队是仿效德国的，把德国教官改为日本教官，在训练方法和技术方面都不需要太大的改变；而且日本人已颇为成功地说服了中国，说日本已经容纳了欧洲军队所有的优点，日本的军队系统是最适合亚洲人的。最后，改用日本顾问，表明了这样一种想法日益增长：东方人能与西方列强匹敌。由于1904至1905年日本打败俄国，这一想法更是无边无际地膨胀。总的结果是形成日本增强对中国内部事务影响的趋势。[4]
事实上，留学日本学习军事的中国学生中的确产生了大量的人才，其中一些佼佼者例如蔡锷、孙传芳、阎锡山、李烈钧以及蒋介石，都是未来中国军事与政治事务中不同程度影响历史的重要人物。
尽管《预备立宪诏》是1906年才颁布的，但在1901年，清政府已经与英国订立《中英通商航海条约》，双方确定英国对治外法权的放弃，这意味着法制改革的实际开始。1901年和1902年刘坤一与张之洞联名奏折和袁世凯的上奏文件已经明确涉及到了法律的系统改革。1904年5月15日，修订法律馆开馆，隶属刑部，1906年刑部更名为法部。自开馆至1910年，法律馆组织翻译十三个国家的法律共计69种，以及其他一些涉及法律法学的著作。这些外国法律文本成为1907年到1911年编纂《大清现行刑律》《大清新刑律》《大清民律草案》《大清商律草案》以及其他法律文件的重要参考。日本的法律专家和中国留学生是整个编纂工程的重要成员。新的法律文本中体现的国家主义原则或西方价值观对家庭礼教的传统构成了严重的挑战：纲常伦理被认为不再是根本，而自由的国民身份才是一个富强国家真正需要的人。可以想象，法律编纂过程中的思想冲突应该被视为必须有效处理的文明冲突，可是法律成文一出，观念随即意味着改变。
注释：
[1] 八旗军与绿营军是清朝的旧式军队：前者基于满人过去的八旗制度（军民合一的社会组织，兼具行政、生产和出征的功能）而形成，清统一后又建汉军八旗和蒙古八旗；后者是清军入关之后对明朝汉人军队的收编。基于满人的身份地位与早期的军事经历，八旗军在能力与待遇方面优于绿营。八旗入关之后，因腐败导致战斗能力下降，乾隆年间，八旗兵渐渐弱于绿营。太平天国时期，绿营军也显露衰败并逐渐失去常备军的功能，清政府开始依赖湘军和淮军。民国初年，绿营的性质为地方治安卫戍部队。
[2] 早在1895年和1896年分别建立江南陆师学堂和湖北武备学堂时，张之洞采用的是德国兵制，两所学校先后雇请了不少于40位德国官员。除了德国教官与中国学生产生了矛盾外，1897年11月德国占据胶州也增加了中国官员对继续雇请德国教官的顾虑。日本的主动改变了教官的来源。
[3] 次年张也将自己的长孙张厚琨送到了日本学习。之后有其他清廷官员将自己的子女送去日本读书。
[4] 任达（Douglas R.Reynolds）：《新政革命与日本：中国，1898-1912》(CHINA,1898-1912 The Xinzheng Revolution and Japan, Harvard University 1993 )江苏人民出版社1998年版，第175页。